Інститут було засновано у травні 1929 року в Харкові, а з 1944 р., після перерви, спричиненої війною, він відновив свою діяльність у Києві. За час існування декілька разів змінювалась його назва та підпорядкування. У 2011 році він отримав назву - Інститут водних проблем і меліорації (ІВПіМ).
Сьогодні ІВПіМ працює у системі Національної академії аграрних наук України (НААН).
Інститут веде фундаментальні та прикладні дослідження з питань: зрошення і осушення земель, водного господарства, сільськогосподарського водопостачання і каналізації, гідротехніки, використання агрометеорологічних ресурсів, екологічних проблем меліорації.
Проведення фундаментальних, прикладних досліджень та розробок з гідротехніки, сільськогосподарської меліорації, водного господарства, сільськогосподарського водопостачання та водовідведення / Проведення науково-дослідних, дослідно-конструкторських, проектно-конструкторських, технологічних, пошукових та проектно-пошукових робіт, наукових та науково-технічних експертиз / Інформаційно-аналітичне забезпечення наукової діяльності, розроблення методик, програмних продуктів для наукових цілей / Проведення робіт з діагностики, стандартизації і сертифікації технологічних процесів, обладнання та матеріалів, метрологічного забезпечення, технічного захисту інформації / Проектування водогосподарських комплексів, систем водопостачання і водовідведення / Проектування, розроблення, виготовлення та випробування експериментальних зразків і дослідних партій матеріалів, речовин, приладів, обладнання, технологій та інформаційних продуктів / Підготовка наукових кадрів через аспірантуру та докторантуру / Організація та проведення наукових семінарів, конференцій, виставок / Видання та розповсюдження наукових, науково-технічних, науково-інформаційних видань